NEBNext^® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）

·高效去除人、小鼠、大鼠 RNA 中的 rRNA

 高丰度的核糖体 RNAs（rRNAs）占总 RNA 的 80-90%，进行二代测序和其它应用前需要在上游实验中将其去除。NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 优化了试剂、探针和操作手册，去除效果更卓越。基于 RNAse-H 的高效工作流程和紧密的探针间距，能高效地从低质量和高质量 RNA 中去除 rRNA，针对广泛的起始量范围亦同样有效。

从不同起始量的人、小鼠、大鼠样品中，NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 均能高效富集目的 RNAs。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA（1 µg、100 ng 和 10 ng）中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从每个文库中抽取（seqtk）1000 万个 Reads，并使用 Mirabait（6 个或更多，25-mers）鉴定去除文库中的 rRNA 残留，人 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S、ETS/ITS；小鼠/大鼠 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值。结果表明：从不同起始量的人、小鼠、大鼠样品中，NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 均能高效去除 rRNA。

使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2，不会影响目的转录本的丰度。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA（1 µg）中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒分别对去除后和未去除的 RNA 制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从去除后的文库中抽取（seqtk）1000 万个 Reads，从未去除的文库中抽取 1 亿个 Reads。使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明：测试的所有物种去除 rRNA 后转录表达水平与未去除文库一致。

不同起始量情况下，样本文库之间都保持一致的转录表达相关性。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）从人、小鼠和大鼠通用参考总 RNA（1 µg）中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明：测试的所有起始量转录表达相关性保持一致。

NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2 在保证转录本丰度的同时，能有效地从降解的 FFPE 总 RNA 中去除 rRNA。使用 NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）（A、B、C）和 TruSeq® Stranded Total RNA Gold Kit（A）从成人正常肝组织 FFPE 总 RNA（RIN 2.3，100 ng 和 10 ng）中去除 rRNA。使用 NEBNext® Ultra™ II RNA 定向文库制备试剂盒制备文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。从去除后的文库中抽取（seqtk）2000 万个 Reads，从未去除的文库中抽取 2 亿个 Reads。图（A）使用 Mirabait（6 个或更多，25-mers）鉴定去除文库中的 rRNA 残留，人 rRNA 探针取自 5S、5.8S、12S、16S、18S、28S、ETS/ITS。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。数据代表 3 次重复的平均值，误差条表示标准差。（B）和（C）使用 Salmon 计算 GENCODE v27 转录本的丰度。图中显示了线性拟合的 Read 计数和 R2 值。结果表明：NEBNext® rRNA 去除试剂盒 v2（人/小鼠/大鼠）能从 FFPE（降解的）样本中高效去除 rRNA，并可灵活应用于低起始量，且在不同起始量情况下，去除后的转录表达相关性也保持一致。

 血液样本中绝大部分的 RNA 由珠蛋白（Globin）mRNA 以及细胞质和线粒体核糖体 RNA（rRNA）组成。这些高丰度的 RNA 会掩盖低丰度转录本的生物学意义，因此，高效、特异性地去除这些 RNA 是至关重要的。

NEBNext® rRNA 去除试剂盒（细菌）

 核糖体 RNA（rRNA）在细菌样品中含量很高，有效去除才能揭示低丰度转录本的重要生物学意义。由于缺乏 poly（A）尾，细菌 mRNA 的特异性富集具有一定的挑战性，因此，高效、特异性地去除细菌 rRNA 至关重要。

• 高效、特异性地去除细菌 rRNA（5s、16s、23s）

 使用 NEBNext^®  rRNA 去除试剂盒（细菌）从不同起始量的模拟菌群中高效去除核糖体 RNA。

从 20 种不同细菌的冻干混合物（ATCC^® #MSA-2002）中提取总 RNA。使用 NEBNext^® rRNA 去除试剂盒（细菌）去除核糖体 RNA（rRNA），使用 NEBNext Ultra II 定向文库制备试剂盒分别制备未去除 rRNA 和去除 rRNA 后的 RNA-seq 文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。采用 Hisat2 将 Reads 比对到 NCBI 基因组数据库中的最佳匹配菌株混合的参考基因组，并采用 Picard 和 ht-seq count 评估重复和转录水平。绝大多数菌种中，起始量为 100 ng 和 10 ng 时，都观察到缺失了已知的 rRNA 序列。

使用 NEBNext^®  rRNA 去除试剂盒（细菌）高效去除单菌种的核糖体 RNA

使用 NEBNext^® rRNA 去除试剂盒（细菌）从大肠杆菌和植物发酵梭菌总 RNA（100 ng）中去除核糖体 RNA（rRNA）。使用 NEBNext Ultra II 定向文库制备试剂盒分别制备未去除 rRNA 和去除 rRNA 后的 RNA-seq 文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。采用 Hisat2 将 Reads 比对到参考基因组，并采用 Picard 和 ht-seq count 评估重复和转录水平。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 rRNA Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。所有菌种中都观察到缺失了已知的 rRNA 序列，证明：使用 NEBNext^®  rRNA 去除试剂盒（细菌）能够高效去除核糖体 RNA。

NEBNext^® rRNA 去除试剂盒（细菌）从不同起始量均能高效去除核糖体 RNA

使用 NEBNext^® rRNA 去除试剂盒（细菌）从 1 μg、100 ng 和 10 ng 大肠杆菌总 RNA 中去除核糖体 RNA（rRNA）。使用 NEBNext Ultra II 定向文库制备试剂盒分别制备未去除 rRNA 和去除 rRNA 后的 RNA-seq 文库，并进行 Illumina 双端测序（2 x 75 bp）。采用 Hisat2 将 Reads 比对到大肠杆菌 MG1655 参考基因组，并采用 Picard 和 ht-seq count 评估重复和转录水平。残留的 rRNA 水平是通过将匹配上的 rRNA Reads 数除以质控过滤后的总 Reads 数计算得出。起始量 1 μg、100 ng 和 10 ng 的样本中都观察到缺失了已知的 rRNA 序列，证明：NEBNext^®  rRNA 去除试剂盒（细菌）从不同起始量均能高效去除核糖体 RNA。